Taiju, un jeune lycéen veut avouer son amour à sa camarade, la belle Yuzuriha. Mais au moment ou il veut prononcer sa déclaration une explosion retentit non loin de Tokyo et la déflagration transforme tous les humains en statue de pierre ! 3700 ans plus tard, à son réveil, Taiju retrouve son ami Senku, ensemble, ils décident de rebâtir la civilisation… ! Pour les aider ils réussissent à créer un remède pour « dépétrifier » les hommes et raniment Tsukasa, un lycéen extrêmement fort, puis Yuzuriha elle même… Mais très vite, Senku et Tsukasa ne s’entendent plus sur le but de leur mission…